Cuando la recolección se ha realizado de forma selectiva, es decir, solamente las cerezas maduras, los granos se tratan por un laborioso método de limpieza a base de agua.

Antes de entrar a despulpar, se realiza el rebalse , la acción de separar los granos que hayan sido perforados por broca, que es un insecto que penetra el grano para depositar sus huevos y lo dañen) o también aquellos granos mal-formados por falta de nutrientes. Aquí es cuando se da la primera clasificación.

Enseguida, se realiza la separación de los granos verdes, que inevitablemente los cosecheros cortan y que si éstos no se separan dañarán considerablemente el sabor final de la taza. aquí comienza el segundo proceso de clasificación.

El despulpado permite separar la pulpa y seleccionar los granos. Esta actividad se efectúa en despulpadoras mecánicas que aprovechan las cualidades lubricantes de la pulpa del café para separarla del grano sin dañar a éste. Los granos son arrastrados por la rotación del pulpero, y presionados entre el cilindro y el pecho para lograr la separación de la pulpas

Los granos despulpados entran en los llamados tanques de fermento (canoa de madera), un sistema tradicionalmente usado para separar el mucílago del grano (sustancia mielosa que cubre el grano recientemente despulpado). Tiene una duración aproximada de 24 a 30 horas, según la temperatura ambiente y el volumen de café a tratar.

Una vez que el grano soltó el mucilago después de la fermentación, se lava el café con agua limpia. El agua que sale de este proceso se llama Agua Miel. Esta agua es dulce y la utilizamos en procesos de abonamiento foliar y control de enfermedades.